Inštitut za matematiko, fiziko in mehaniko se sestoji iz uprave, Sveta IMFM, ki je najvišji organ upravljanja, ter posameznih oddelkov.

Uprava inštituta:

• dr. Jernej Kozak (direktor)

• mag. Tanja Cvek (pomočnica direktorja)

• Simona Puncer Klemenčič (glavna računovodja)

• Maja Šivic (računovodja)

• Katarina Grošelj Likovič
• Marjana Vodušek Jodl (zunanja administrativna sodelavka)

Svet IMFM:

Zunanji člani:

• dr. Matej Brešar (delegat Fakultete za matematiko in fiziko UL)
• dr. Gorazd Lešnjak (delegat Fakultete za elektrotehniko, računalništvo in informatiko UM)
• dr. Matija Cencelj (delegat Pedagoške fakultete UL)
• dr. Sandi Klavžar (delegat Fakultete za naravoslovje in matematiko UM in namestnik predsednika Sveta)
• dr. Štefko Miklavič (delegat Fakultete za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije UP)
• Matija Šenk (delegat podjetja KD Življenje, Zavarovalnica d.d.)

Notranji člani:

• dr. Peter Šemrl (delegat Oddelka za matematiko IMFM in predsednik Sveta)

• dr. Zvonko Trontelj (delegat Oddelka za fiziko IMFM)

• dr. Igor Dobovšek (delegat Oddelka za mehaniko IMFM)

• dr. Andrej Bauer (delegat Oddelka za teoretično računalništvo IMFM)

• Simona Puncer Klemenčič (delegatka Uprave - skupnih služb)

Oddelki:

• Oddelek za matematiko IMFM - predstojnik: dr. Pavle Saksida

• Oddelek za fiziko IMFM - predstojnik: dr. Zvonko Jagličić

• Oddelek za mehaniko IMFM - predstojnik: dr. Igor Dobovšek

• Oddelek za teoretično računalništvo IMFM - v.d. predstojnika: dr. Andrej Bauer