Upravni odbor:

• prof. dr. Nataša Vaupotič, z Univerze v Mariboru, Faultete za naravoslovje in matematiko - prestavnica iz vrst uporabnikov inštiituta oziroma zainteresirane javnosti ter podpredsednica Upravnega odbora,
  
• prof. dr. Sašo Strle, z Univerze v Ljubljani, Fakultete za matematiko in fiziko - predstavnik iz vrst uporabnikov inštituta oziroma zainteresirane javnosti,
  
• dr. Vojko Jazbinšek z Inštituta za matematiko, fiziko in meihaniko - predstavnik zaposlenih na Inštitutu za matematiko, fiziko in mehaniko ter predsednik Upravnega odbora.

Uprava inštituta:

• prof. dr. Peter Šemrl, v.d. direktorja

• mag. Tanja Cvek, pomočnica direktorja

• Simona Puncer Klemenčič, glavna računovodja

• Maja Suhadolcc, računovodja
  

Znanstveni svet:

• prof. dr. Marjeta Kramar Fijavž, članica raziskovalnega programa P1-0222 ter predsednica Znanstvenega sveta,
• prof. dr. Dragan Marušič, vodja raziskovalnega programa P1-0285,
• prof. dr. Ganna Kudryavtseva, članica raziskovalnega programa P1-0288,
• prof. dr. Barbara Drinovec Drnovšek, članica raziskovalnega programa P1-0291,
• prof. dr. Dušan Repovš, vodja raziskovalnega programa P1-0292,
• prof. dr. Sergio Cabello Justo, član raziskovalnega programa P1-0297,
• prof. dr. Primož Potočnik, vodja raziskovalnega programa P1-0294,
• prof. dr. Zvonko Jagličić, vodja raziskovalnega programa P2-0348   
  

Oddelki:

• Oddelek za matematiko IMFM - predstojnica: prof. dr. Damjana Kokol Bukovšek
  

• Oddelek za fiziko IMFM - predstojnik: prof. dr. Zvonko Jagličić

• Oddelek za teoretično računalništvo IMFM - predstojnik: prof. dr. Andrej Bauer