Inštitut za matematiko, fiziko in mehaniko se sestoji iz uprave, Sveta IMFM, ki je najvišji organ upravljanja, ter posameznih oddelkov.

Uprava inštituta:

• dr. Jernej Kozak (vršilec dolžnosti direktorja)

• dr. Aleš Založnik (svetovalec direktorja)

• mag. Tanja Cvek (pomočnica direktorja)

• Katarina Grošelj Likovič (poslovna sekretarka)

• Simona Puncer (računovodja)

• Mira Masle (knjigovodja)

  Anja Volaš (administrativna sodelavka)

• Luka Kompare (administrativni sodelavec)

• Marjana Vodušek Jodl (zunanja administrativna sodelavka)

Svet IMFM:

Zunanji člani:

• dr. Matej Brešar (delegat Fakultete za matematiko in fiziko UL in predsednik Sveta)
• dr. Gorazd Lešnjak (delegat Fakultete za elektrotehniko, računalništvo in informatiko UM)
• dr. Marko Slapar (delegat Pedagoške fakultete UL)
• dr. Sandi Klavžar (delegat Fakultete za naravoslovje in matematiko UM)
• dr. Štefko Miklavič (delegat Fakultete za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije UP)
• Jure Pompe (delegat podjetja XLAB d.o.o.)

Notranji člani:

• dr. Petar Pavešič (član Oddelka za matematiko IMFM)

• dr. Zvonko Trontelj (član Oddelka za fiziko IMFM)

• dr. Igor Dobovšek (član Oddelka za mehaniko IMFM)

• dr. Marko Petkovšek (član Oddelka za teoretično računalništvo IMFM)

• Simona Puncer (predstavnica Uprave - skupnih služb)

Oddelki:

• Oddelek za matematiko IMFM - predstojnik: dr. Pavle Saksida

• Oddelek za fiziko IMFM - predstojnik: dr. Zvonko Jagličić

• Oddelek za mehaniko IMFM - predstojnik: dr. Igor Dobovšek

• Oddelek za teoretično računalništvo IMFM - predstojnik: dr. Tomaž Pisanski