Inštitut za matematiko, fiziko in mehaniko se sestoji iz Uprave, Sveta IMFM, ki je najvišji organ upravljanja, ter posameznih oddelkov.

Uprava inštituta:

• prof. dr. Jernej Kozak (direktor)

• mag. Tanja Cvek (pomočnica direktorja)

• Simona Puncer Klemenčič (glavna računovodja)

• Maja Suhadolcc (računovodja)
  

Svet IMFM (od 01.10.2017):

Zunanji člani:

• prof. dr. Matija Cencelj, delegat Pedagoške fakultete UL
  
• prof. dr. Gašper Jaklič, delegat Fakultete za gradbeništvo in geodezijo UL ter namestnik predsednika Sveta
  
• prof. dr. Sandi Klavžar, delegat Fakultete za naravoslovje in matematiko UM
  
• doc. dr. Marko Orel, delegat Fakultete za matematiko, naravoslovje in informacijske tehnologije UP
  
• prof. dr. Iztok Peterin, delegat Fakultete za elektrotehniko, računalništvo in informatiko UM
  
• prof. dr. Peter Šemrl, delegat Fakultete za matematiko in fiziko UL
  

Notranji člani:

• prof. dr. Franc Forstnerič delegat Oddelka za matematiko IMFM in predsednik Sveta

• doc. dr. Marko Jagodič, delegat Oddelka za fiziko IMFM

• gospa Simona Puncer Klemenčič, delegatka Uprave - skupnih služb

• prof. dr. Primož Potočnik, delegat Oddelka za teoretično računalništvo IMFM

• prof. dr. Pavle Saksida, delegat Oddelka za matematiko IMFM
  

Oddelki:

• Oddelek za matematiko IMFM - predstojnica: prof. dr. Damjana Kokol Bukovšek
  

• Oddelek za fiziko IMFM - predstojnik: prof. dr. Zvonko Jagličić

• Oddelek za teoretično računalništvo IMFM - predstojnik: prof. dr. Andrej Bauer